En el procés d'implantació de la xarxa ecològica europea Natura 2000, i d'acord amb el que estableix la Directiva Hàbitats i la Ley del Patrimonio Natural y de la Biodiversidad, les comunitats autònomes declararan tots els LIC com a Zones Especials de Conservació (ZEC), a més de les Zones d'Especial Protecció per a les Aus (ZEPA) en el seu àmbit territorial, i fixaran les mesures de conservació necessàries que responguin a les exigències ecològiques dels tipus d'hàbitats naturals i de les espècies presents en aquestes àrees. Aquest procés implica disposar de plans o instruments de gestió per a cada lloc, i mesures reglamentàries, administratives o contractuals.

El Govern basc ha de designar 52 ZEC i haurà de definir les mesures de gestió per a aquestes i per a 6 ZEPA. Des de fa mesos s'està treballant en la designació de 27 LIC i 2 ZEPA de la regió biogeogràfica atlàntica i s'han iniciat recentment els treballs relatius a 13 LIC i 1 ZEPA més de les regions atlàntica i mediterrània situats a Araba. L'equip de Minuartia Enea juntament amb Iberinsa, ha estat contractat per elaborar la documentació necessària per a la designació de 2 ZEC i 1 ZEPA d'aquesta fase just iniciada.